No final de junho de 2012, os corpos de Almir Nogueira de Amorim e João Luiz Telles Penetra, pescadores e membros ativos da AHOMAR, foram encontrados na Baía de Guanabara, Rio de Janeiro. Eles desapareceram depois de saírem para uma pescaria em 22 de junho de 2012. As investigações preliminares da divisão de homicídios da Polícia Civil indicam que ambos foram amarrados antes de serem afogados.
Os assassinatos ocorreram após constantes ameaças contra Alexandre Anderson de Souza, sua esposa, Daize Menezes de Souza, e outros membros da associação. As ameaças estão relacionadas a denúncias apresentadas pelo grupo contra a construção de um gasoduto na baía, e o dano ambiental que está ameaçando o modo de vida tradicional dos pescadores. Em 22 de maio de 2009, o tesoureiro da AHOMAR, Paulo César dos Santos, foi espancado e assassinado com um tiro na cabeça diante de sua esposa e filhos; no ano seguinte, Márcio Amaro, membro fundador da associação, também foi morto a tiros em sua casa. Nenhum dos casos foi solucionado. Alexandre Anderson afirma ter sobrevivido a seis atentados contra a sua vida nos últimos três anos.
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